V souvislosti s dodávkami nových strojů řady EP09 byla už v první polovině 90. let většina lokomotiv řady EP05 zrušena. Do provozu po roce 2000 tak zasáhly již pouze stroje EP05-16 a EP05-23, jejichž odstavení bylo v posledních letech odkládáno, což souvisí s nedostatkem lokomotiv pro zvyšující se počet vlaků s rychlostí 160 km/h. Obě lokomotivy prošly v roce 2005 revizní opravou, přičemž stroj EP05-23 v rámci ní získal nový firemní nátěr svého vlastníka PKP Cargo.
Stroj EP05-16 byl 29. července 2007 odstaven z důvodu havárie trakčního motoru a následně bylo rozhodnuto, že již nebude opraven. Poslední provozní lokomotivou tak zůstala EP05-23, která prošla v létě 2007 revizní opravou v dílnách ZNTKiM Gdańsk. Lokomotiva byla v poslední době nasazována především na vlaky Warszawa – Kraków, případně též do Rzepina, při denním proběhu přes 1200 km (dva páry vlaků do Krakówa) se však z kvóty 200 tisíc km do další revizní opravy rychle ukrajovalo a naposledy byla lokomotivy nasazena do vozby pravidelných vlaků 10. května 2008. O dva dny dříve přitom změnila vlastníka z PKP Cargo na PKP Intercity.
V půlce května 2008 tak lokomotiva stojí odstavená v depu Warszawa Olszynka Grochowska a může ještě najet asi 6000 km, s nasazením na pravidelné vlaky se však již nepočítá. V následujících týdnech tedy lokomotiva ještě několikrát vyjede na trať s mimořádnými či zkušebními vlaky, ale další osud posledního „Czecha“ je zatím nejasný.
Zřejmě poslední den provozu „bobin“ PKP na pravidelných vlacích dokumentuje snímek pořízený 10. května 2008 v úseku Goszcza - Niedźwiedź: stroj EP05-23 v čele vlaku Ex 3512 SAWA Kraków Główny - Gdynia Główna.
