Dne 2. prosince 2002 byla slavnostně ukončena stavba „Dálková kabelizace a úprava zabezpečovacího zařízení Horní Dvořiště - České Budějovice“. Hlavním dodavatelem stavby byl podnik AŽD Praha, ale podílela se na ní i řada dalších podniků.
Všechny stanice na trati (včetně Českých Budějovic) byly vybaveny elektronickým zabezpečovacím zařízením, ve čtyřech případech zařízením ESA11 (AŽD Praha) a v šesti typem K-2000 (Starmon Choceň). Na trati byla nasazena automatická hradla AH3-88. Přejezdy (34 ks) byly vybaveny elektronickým přejezdovým zabezpečovacím zařízením PZZ-EA (AŽD Praha). Na trati byly instalovány počítače náprav Siemens-Frauscher (celkem 390 ks). Dále je trať vybavena zařízením dálkového ovládání DOZ-1 (AŽD Praha). Ústřední stanoviště se dvěma pracovišti, z nichž lze řídit a kontrolovat celou trať, je umístěno v Českých Budějovicích. Jsou zde k dispozici také informace o požární signalizaci na celé trati, ale i o zabezpečení místností (např. otevření dveří). Na zvláštních monitorech je jak splněný grafikon, tak jeho prognóza na nejbližší časové období. Všechny provozní i diagnostické údaje se ukládají na nezávislých paměťových mediích. Na pracovišti údržby v Českých Budějovicích jsou k dispozici diagnostické informace zabezpečovacích zařízeních na trati.
Na trati jsou položeny místní i dálkové kabely, včetně kabelů optických. V Českých Budějovicích byla instalována nová telefonní ústředna firmy Ericsson a na trati integrovaná telekomunikační zařízení TTC Tesla Telekomunikace, která plní funkci ústředny, zapojovače, přenosového a dispečerského zařízení. Tato technika je i pro přenos informací energetiky a elektrické trakce. V roce 1999 byl na trati uveden do provozu radiový systém TRS pro spojení strojvedoucího a výpravčího. Pro informování cestujících byla ve stanicích nasazena rozhlasová zařízení TORNZ (AŽD Praha). Tato zařízení umožňují i hlášení do neobsazených zastávek na trati. V Českých Budějovicích bylo dále instalováno nové světelné informační zařízení Elektročas.
Trať Horní Dvořiště - České Budějovice se tak zařadila mezi tratě s nejmodernější sdělovací a zabezpečovací technikou, která se přinejmenším vyrovná obdobným zahraničním zařízením.
