Po 160 letech, 8 měsících a 22 dnech byla 29. března 2000 ukončena existence stanice Rajhrad a od tohoto data zde naleznete pouze stejnojmennou zastávku. Posledním vlakem, který touto stanicí projel byl R 278 Děvín (projel v 16.07) a poté - v 16.10 - byla dopravní služba ukončena. Zrušením této stanice vznikl nový mezistaniční úsek Hrušovany u Brna - Modřice, který je svou délkou 11,2 km (vzdálenost staničních budov) postačující i pro výrazně silnější než dnešní rozsah dopravy na této trati. Vytrhání posledních dvou výhybek č. 2 a 3 bylo provedeno mezi 8. a 21. dubnem. Rajhrad však není poslední stanicí, se kterou se budeme muset v rámci výstavby koridorů rozloučit, v dalších letech ji budou následovat stanice Hladké Životice (mezi Studénkou a Suchdolem nad Odrou) a Střeň (mezi Olomoucí a Zábřehem na Moravě, tato stanice má již dnes pouze 2 dopravní koleje) a uvažuje se i o dalších.