Nedílnou součástí železniční logistiky jsou i námořní přepravy kolejových vozidel na trajektech vybavených kolejemi. Świnoujście je jediným polským přístavem, který umožňuje posun s železničními vozy mezi trajektem a pevninskou železnicí. Právě z tohoto přístavu je dlouhodobě provozována trajektová linka do švédského Ystadu. Od počátku tisíciletí měla železniční doprava na lince Świnoujście - Ystad rostoucí tendenci, a to až do roku 2007, kdy bylo dosaženo rekordního počtu téměř 24 tisíc přepravených železničních vozů za rok, od roku 2008 začaly tyto počty postupně klesat. V té době mělo monopol na použití trajektů PKP Cargo, které si od rejdaře Unity Line pronajímalo koleje na trajektech Jan Śniadecki, Polonia a Kopernik. S poklesem železničních přeprav se pak rejdař postupně zbavil lodí Kopernik (prodána v roce 2019, po modernizaci sloužila na lince Soluň – Izmir) i Jan Śniadecki (prodána v lednu 2024). I v souvislosti s přestavbou kolejiště ve Świnoujście, kteár byla zahájena v roce 2019, a nezájmem o tyto služby ze strany PKP Cargo pak využití kolejí na palubách trajektů mezi Polskem a Švédskem kleslo na nulu. Na Baltu tak zůstala v provozu jediná železniční linka, kterou provozuje Stena Line mezi Rostockem a Trelleborgem, když již dříve byly ukončeny přepravy železničních vozidel na lince Sassnitz – Trelleborg.